En retirar-se Coachán, el seu col·laborador, el 1928, Trueta s'ocupa de la mútua d'accidents catalana, per així set anys més tard, el 1935, ser nombrat Director del Servei de Cirurgia de l'Hospital de la Santa Creu. Darrere la mort del Doctor Ribas se l'hi possibilita a Josep ocupar el càrreg d'ajudant de professor, mentres també es posa com a encarregat del departament de cirurgia de l'Hospital de Sant Pau de Barcelona.
Al estallar la guerra civil Josep aplica un nou mètode per curar fractures obertes, inspirat en Winnet Orr, un metge anglès. Amb aquest tractament van reduir els casos de Gangrena un 90%, va tractar més de mil casos catalans registra'n així només 6 morts.
L'any 1938 publica el seu primer article, a la revista catalana de cirurgia, titulat ''Tractament actual de les fractures de guerra'' on dóna a conèixer el seu nou mètode.
La tècnica Trueta consisteix en cinc passos:
Netejar la ferida amb aigua i sabor el més ràpid que es pugui.
Realitzar una obertura completa de la mateixa.
Extreure tots els teixits morts o afectats per la bala o la explosió.
Col·locar un drenatge per evitar l'acumulació de líquids.
immobilitzar el membre ferit amb un guix.
Coneguda com a "Tècnica Trueta" o "Trueta shunt" tenia com a funció evitar la ostiomielitis.Aquesta es fundamentava en que no hi ha ferida que no estigui contaminada, així que el primer propòsit que tenia la operació, era neutralitzar l'acció dels bacteris.
Gràcies a la Tècnica Trueta més de 2.000 persones van ser salvades durant la segona guerra mundial, i la mort per gangrena va passar del 18% de les baixes de la primera guerra mundial al 0,16% a la guerra del Vietnam.